概要

住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）を受けるためには、入居した年の翌年に確定申告が必要です※1。会社員であっても、初年度は年末調整ではなく確定申告を行う必要があります。2年目以降は年末調整で控除を受けられます。

この記事では、確定申告の手続き、必要書類の一覧と入手先、e-Taxでの申告方法、2年目以降の年末調整について解説します。住宅ローン控除の制度の詳細（控除額・適用条件など）は住宅ローン控除をご覧ください。

なぜ確定申告が必要か

住宅ローン控除は、年末のローン残高に応じて所得税が還付される「税額控除」です。しかし、会社の年末調整では住宅ローン控除の初回適用ができません。初年度は本人が税務署に申告して、控除の適用を受ける必要があります※1。

  • 初年度: 確定申告が必要（会社員・自営業者とも）
  • 2年目以降: 会社員は年末調整で控除可能。自営業者は毎年確定申告

確定申告を行わないと、住宅ローン控除の適用を受けられず、還付金を受け取れません。

申告時期

区分申告期間
還付申告（会社員等、所得税の還付を受ける場合）入居翌年の1月1日〜5年以内（早めの提出を推奨）
確定申告（自営業者等）入居翌年の2月16日〜3月15日

会社員の場合は「還付申告」に該当するため、確定申告期間（2月16日〜3月15日）を待たずに1月から申告できます。税務署の窓口が混雑する前に手続きするのがおすすめです。

具体例

2026年中に入居した場合:

2026年中に入居 → 2027年1月〜に確定申告 → 2027年4〜5月頃に還付金入金

必要書類の一覧と入手先

確定申告に必要な書類は以下の通りです。

書類入手先備考
確定申告書国税庁のサイトまたは税務署e-Tax利用時はオンラインで作成
（特定増改築等）住宅借入金等特別控除額の計算明細書国税庁のサイトまたは税務署e-Tax利用時はオンラインで作成
住宅ローンの年末残高等証明書金融機関（10〜11月頃に郵送）届かない場合は金融機関に問い合わせ
登記事項証明書（建物）法務局（オンラインでも取得可）手数料: 480〜600円
登記事項証明書（土地）法務局（オンラインでも取得可）土地も取得した場合
工事請負契約書の写し手元の控え引き渡し時に受け取った書類一式に含まれる
売買契約書の写し（土地）手元の控え土地を購入した場合
住宅の省エネ性能を証明する書類建築会社または検査機関下記参照
住民票の写し市区町村役場e-Taxではマイナンバーで代替可能な場合あり
源泉徴収票勤務先（年末〜1月頃に配布）給与所得者の場合
マイナンバーカード—e-Tax利用時に必要。またはマイナンバー通知カード＋本人確認書類

省エネ性能を証明する書類

2024年以降に建築確認を受けた新築住宅は、省エネ基準への適合が住宅ローン控除の要件です。以下のいずれかの書類で証明します※2。

書類発行元
建設住宅性能評価書登録住宅性能評価機関
住宅省エネルギー性能証明書建築士、登録住宅性能評価機関
長期優良住宅の認定通知書所管行政庁（市区町村等）
低炭素住宅の認定通知書所管行政庁（市区町村等）

建築会社に依頼すれば、該当する書類を手配してくれます。

e-Taxでの申告方法

確定申告はe-Tax（電子申告）で行うのが最も手軽です。

申告の流れ

  1. 国税庁「確定申告書等作成コーナー」にアクセス
  2. マイナンバーカードでログイン
    • マイナンバーカード＋ICカードリーダー、またはスマートフォンで読み取り
  3. 「所得税の確定申告書」を選択
  4. 収入・所得の入力
    • 源泉徴収票の内容を入力
  5. 「住宅借入金等特別控除」の項目に進む
    • 画面の案内に従い、物件情報、ローン残高、省エネ性能区分等を入力
  6. 必要書類のデータ添付または郵送
    • e-Taxで送信できない書類は別途郵送（または税務署に提出）
  7. 申告データの送信
  8. 還付金の入金を待つ（申告後1〜2ヶ月程度）

e-Tax利用のメリット

メリット内容
自宅で完結税務署に行く必要がない
計算が自動入力すれば控除額が自動計算される
還付が早い書面提出より2〜3週間早い（e-Taxは約3週間、書面は約1〜2ヶ月）
添付書類の省略一部の書類はe-Taxなら原本の提出が不要

書面で申告する場合

e-Taxを利用しない場合は、以下の方法で申告できます。

  • 税務署の窓口に提出: 確定申告期間中は相談コーナーも設置される
  • 郵送で提出: 必要書類を同封して管轄の税務署に送付

2年目以降の年末調整

手続きの流れ

初年度に確定申告を行うと、税務署から以下の書類が送付されます。

書類送付時期内容
住宅借入金等特別控除証明書（残りの年数分まとめて）初年度の確定申告後（10月頃）控除期間の残り年数分がまとめて届く。紛失しないよう保管
住宅借入金等特別控除申告書（残りの年数分まとめて）同上年末調整で勤務先に提出する申告書

2年目以降は、毎年以下の2点を勤務先に提出するだけで年末調整時に控除を受けられます。

  1. 住宅借入金等特別控除申告書（該当年の分に必要事項を記入）
  2. 住宅ローンの年末残高等証明書（金融機関から毎年届く）

証明書を紛失した場合

住宅借入金等特別控除証明書・申告書を紛失した場合は、税務署に再発行を申請できます。再発行には2〜4週間かかるため、年末調整の期限に間に合うよう早めに手続きしてください。

住民税からの控除

所得税から控除しきれない分は、翌年度の住民税から控除されます※3。

項目内容
控除上限所得税の課税総所得金額等 × 5%（最高97,500円）
手続き不要。確定申告（または年末調整）をすれば自動的に反映される
反映時期翌年6月以降の住民税から控除

住民税からの控除は自動的に処理されるため、施主側で追加の手続きは不要です。6月頃に届く住民税の決定通知書で、控除が反映されているか確認してください。

よくある疑問

夫婦で住宅ローンを組んでいる場合は？

夫婦それぞれが住宅ローンを組んでいる場合（ペアローン）、それぞれが確定申告を行い、各自のローン残高に応じた控除を受けます。連帯債務の場合は、不動産登記の持分割合に応じてローン残高を按分します。

確定申告を忘れた場合は？

還付申告は、入居した年の翌年1月1日から5年以内であれば遡って申告できます※4。ただし、過去分の控除はまとめて受けられるわけではなく、各年分について個別に申告が必要です。

繰上返済した場合は？

繰上返済を行ってローン残高が減ると、控除額もそれに応じて減ります。ただし、返済期間が10年未満になると住宅ローン控除の適用要件を満たさなくなるため、繰上返済の際は残りの返済期間に注意してください。

転勤で一時的に住めなくなった場合は？

住宅ローン控除は、本人が居住していることが要件です。転勤で一時的に転居する場合、その期間は控除を受けられません。ただし、再び居住を開始した場合は、残りの控除期間について控除を再開できます※5。

出典

  1. 国税庁「No.1211-1 住宅借入金等特別控除」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1211-1.htm
  2. 国税庁「No.1211-1 住宅借入金等特別控除」（必要書類の一覧） https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1211-1.htm
  3. 地方税法 附則第5条の4の2（住宅借入金等特別税額控除） https://laws.e-gov.go.jp/law/325AC0000000226
  4. 国税通則法 第74条（還付申告の期間） https://laws.e-gov.go.jp/law/337AC0000000066
  5. 国税庁「No.1234 転勤と住宅借入金等特別控除等」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1234.htm